肥料是农业生产中不可或缺的投入品，用有机肥生产线工艺生产的微生物有机肥料在肥料分类中属于有机类肥料。现在我国的有机肥的生产都是用有机肥生产工艺生产的，生产的微生物有机肥可分为三类产品，包括农用微生物菌剂、生物有机肥和复合微生物肥料。其中，农用微生物菌剂包括根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、农用微生物浓缩制剂、生物修复菌剂（土壤修复菌剂）等。微生物肥料的核心是含有特定的功能微生物。将微生物制剂和有机物（畜禽粪便等）或有机物、无机物（氮、磷、钾）混合，用量较大的，称为生物肥料，简称菌肥。